Замеченные вами зеленые гусеницы, скорее всего – совка. Гусеницы появляются при откладке бабочкой на нижней стороне листа яиц, уже через сутки. Желательно вовремя обнаружить кладки яиц и уничтожить. Совка не любит ширицу и кору дуба. Опрыскивание настоем из этих растений отпугивает этих вредителей. Но отвары не помогают при большом нашествии. Придется воспользоваться химическими препаратами. Свою эффективность в борьбе с совкой показали: Фуфанон, Децис, Золон.

Более серьезная проблема появления темных пятен на плодах перца. Подозреваю инфекционное заболевание – альтернариоз (сухая пятнистость). Им поражаются не только перцы, но и томат, картофель и другие пасленовые культуры. Чаще всего альтернариоз проявляет себя второй половине вегетации. К сожалению, не смотря на борьбу, инфекция сохраняется на растительных остатках и пораженных семенах.
Участку где рос перец, требуется обеззараживание, для того чтобы инфекцию не перенести на другие овощи. Перец лучше высадить на новое место, где предшественниками были: капуста огурец, тыква, кабачок, бобовые. Можно попробовать сохранить Вами любимый сорт. Для этого проведите обеззараживание семян, поместив их в раствор марганцовки или перекиси водорода.
Если, несмотря на все принятые меры, инфекция проявит себя, то опрыскайте растения 0,25%-ным раствором Ридомил Голд. Повторные обработки можно проводить препаратами Браво или Оксихом.